Chương trình Trẻ em và Thanh niên là một trong các chương trình chuyên môn được thành lập vào năm 2015 với mục tiêu xây dựng và phát triển các can thiệp nhằm tăng cường chăm sóc sức khỏe, tăng cường giáo dục và củng cố khả năng tự thích ứng của nhóm trẻ em và thanh niên dễ bị tổn thương.

Nhóm khách hàng mục tiêu của Chương trình là con em của các nhóm cộng đồng bị ảnh hưởng bởi các bệnh HIV, Lao, Sốt rét; trẻ em nghèo; thanh thiếu niên sử dụng ma túy,... Hiện nay, Chương trình tập trung phát triển các hướng dẫn chuyên môn nhằm can thiệp giảm tác hại, cải thiện sức khỏe tâm thần cho thanh niên sử dụng ma túy và can thiệp về trải nghiệm tiêu cực thời thơ ấu đối với nhóm trẻ em dễ bị tổn thương